长期施用有机肥料，可以防止和减少环境污染。具体体现在两个方面：
首先是利用人畜、家畜的排泄物积存制作为肥料施入土壤里，消除对一个局部地域的地表地下水资源、土地和小气候的污染，减少对人畜、动植物病虫危害的蔓延。
其次是由于长期施用有机肥，使土壤有机质含量增加和更新，这样可以大大提高土壤的吸附能力，对去除土壤中有毒物质或减轻其毒害有利。
据研究，土壤腐殖质的存在对农药的吸附，不仅控制了农药在土壤中的残留，而且起到了对残毒的降解、流失和挥发。
另外，土壤中汞、镉与铬等重金属的污染，通过土壤腐殖质与黏土矿物的吸附、化学沉淀和腐殖质的络合作用，从而减轻了汞、镉与铬等重金属对农作物的毒害，使农作物对这些有毒物质的吸收量大大减少。
