每亩日光温室蔬菜可深施充分腐熟的有机肥16-20立方米，分两次施入（第一次施入2/3第二次施入1/3），施后浇透水1次。3年以上的蔬菜田，当土壤pH值小于6时，每亩分两次施入80公斤石灰粉，浇水中和土壤；当土壤pH值大于7时，每亩分两次施入50公斤石膏粉，浇水中和土壤。
要增施微肥。有机蔬菜生产施用微肥，可使蔬菜优质高产，但微肥施用量要适当，施用量过大会对蔬菜产生危害。酸性微肥如硫酸亚铁每亩用量不能超过3.5公斤，硫酸锰每亩用量不能超过2公斤；碱性微肥如硫酸铜每亩用量不能超过2公斤，硼砂每亩用量不能超过1.25公斤，硫酸锌每亩用量不能超过1.25公斤；中性微肥如硫酸镁每亩施0.5公斤即可。
