一、与化肥混施：有些用户认为，菌肥不能与化学肥料混用。混用后，高浓度的化学物质就会杀灭菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。其实菌肥可与部分化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与生物有机肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与生物菌肥混合施用，则会减少此类问题发生。同时，因为化肥只能为作物提供一种或几种养分，长期施用，作物会产生缺素症，而微生物菌肥含有大量的有益微生物，能够改善土壤理化性状和微生态区系，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。
二、合理施用：生物菌肥能够改良土壤结构，为作物和土壤微生物生长提供良好的营养和环境条件，施入较多的菌肥，也不会出现烧根烧苗现象，但并不是越多越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，但增加了肥料投入成本，降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
三、满足生物菌肥肥效发挥条件：有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显著。但是，这类微生物多是好氧性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，施肥时需要浅施，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，防止深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。
四、不要忽视其它防治措施。死棵是近年来棚室蔬菜相对比较突出的病害。随着菌肥的不断推广应用，很多用户穴施菌肥有效地控制住了蔬菜死棵的发生发展，于是生产中不少用户就将使用菌肥作为抑制蔬菜死棵的唯一措施，其实这种做法不是很正确。菌肥的确可以起到以菌抑菌的防病效果，但是菌肥并不是农药，不能达到农药防治病害的所有效果。一旦发生病害，特别是根茎部病害，还是要使用药剂对症用药进行防治，不可过分依赖菌肥的防病功效。
科学、正确、合理使用使用微生物菌肥能帮助各位用户解决土壤肥力下降，板结问题，能促进农作物的高产丰收。
