大量使用传统化肥，目前农业生产中存在诸多的问题：
一、化肥利用率低。n、p、k利用率在35左右。
二、土传病害增多，常规方法解决不理想
三、生理性病害制约产量进一步增加
然而生物菌肥应随着科技的发展，经济的发展，社会的发展，“绿色、环保”主题在人们的头脑中越来越重要。
1、提高化肥利用率
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用，所以，采用微生物菌肥与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
2、生产绿色食品
随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在积极发展绿色农业(生态有机农业)来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用(或限量使用)化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。生物菌肥基本符合以上三原则，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
3、改良土壤
生物菌肥中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，活化土壤，解决土壤中营养不平衡问题，有利于提高土壤肥力，让蔬菜瓜果、中药材、玉米、小麦等作物吃饱喝足，盛果期长不早衰。
4、生物杀菌
含有胶质芽孢杆菌特殊菌株，能够强力抑制土壤中有害菌活动，是解决蔬菜重茬病害的新方法。
5、刺激生根
能够强烈刺激作物生根，根系发达，营养吸收好，壮苗抗病力强，病害明显减少。
土地肥力持续降低的问题，正成为中国农民面临和亟待解决的一大难题。土地因为连续施用化肥，土壤中养分含量下降，有机质含量下降，土壤板结严重。而生物肥料能够提高化肥利用率，改善作物品质，改良土壤，减轻环境污染，生物菌肥之所以是好肥料，是因为它的营养元素齐全，能够改善土壤理化性状,增强土壤保水、保肥、供肥的能力。
随着种植户对生物菌肥认识的提高，生物菌肥在果蔬生产中的应用越来越广泛。在农业生产过程中，通过增施生物菌肥，能减少化肥用量、降低生产成本，改良土壤结构，消除土壤板结，提高蔬菜品质等作用。
