传染病虫害 鸡粪中含有大肠菌、线虫等多种病菌和害虫，直接施用会让这些病虫害危害农作物。另外，未腐熟的有机物料在土壤中发酵，也会滋生病菌和虫害，导致农作物发生病虫害。
土壤缺氧 有机质在分解过程中会消耗氧气，是土壤出现缺氧状态，抑制作物的生长。
毒气危害 在发酵过程中，会产生甲烷、氨等有害气体，如果发酵前就直接施用在土壤中会使作物遭受酸害和根系损伤。
发酵烧苗 将未腐熟发酵的鸡粪施用到土壤中，后期会在微生物的作用下腐熟发酵。若离作物根部较近且作物植株较小，发酵时产生热量会影响作物的生长，严重的还会烧毁作物根系，导致死亡。
肥效缓慢 未经发酵腐熟的鸡粪，养分多为有机态或缓效态，不能直接被农作物吸收利用。只有经过一段时间，分解转化为速效态才能被作物吸收利用，因此肥效发挥缓慢。
